L'histoire de la Banque Palatine remonte au 18e siècle, lorsque la famille Lyonnaise Vernes crée la société Vernes et Compagnie. En 1970, la Banque Vernes fusionne avec la banque commerciale de Paris.
Nationalisée en 1982, elle rejoint le Groupe Suez en 1985.
En 1987, l'état Français privatise le Compagnie Financière de Suez, l'Istituto Bancario San Paolo rentre alors au capital et en devient le seul actionnaire en 1988.
En 1989 la banque change de nom et devient la Banque Sanpaolo.
En 1996, la banque continue son expansion et reprend le réseau de la banque Veuve Morin-Pons (fondée à Lyon en 1805).
En 2003, la banque est reprise par la Caisse nationale des Caisses d'Epargne à hauteur de 60%, le reste restant détenu par le Groupe Sanpaolo.
En 2005, la banque adopte son nom actuel :
la Banque Palatine.
Fin 2008, suite à la crise des subprime, le Groupe Caisse d'Epargne envisage de vendre sa participation dans la Banque Palatine.